Psi兵团和克拉克总统开始利用这些船只的先进技术，克拉克总统的政府已经发现了埋在地球太阳系中的影子船只。克拉克政府继续变得越来越排外和极权，并以军事事件为借口宣布戒严。这引发了火星上的独立战争，火星与地球的政治关系长期紧张。巴比伦5号也宣布从地球独立，以及其他几个偏远的地球联盟殖民地。作为回应，地球联盟试图武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的阴影威胁的明巴里人的帮助下，袭击被击退。 　　由于担心阴影在他的人民中的影响力越来越大，Centauri大使Londo Mollari试图与他们断绝关系。阴影家族的人类代表莫登先生通过策划谋杀Mollari的情妇，同时将责任归咎于竞争对手Centauri House，诱骗他恢复了合作关系。暗影与巴比伦5号和明巴里人领导的联盟之间爆发了公开战争。据了解，沃隆人的基因操纵是人类心灵感应的来源，因为后来发现暗影飞船容易受到心灵感应攻击。约翰·谢里丹上尉对沃隆一家没有对阴影采取直接行动感到不满，他威逼沃隆大使科什·纳拉内克对他们的共同敌人发动攻击。科斯的行为导致他随后被阴影暗杀。 　　前空间站指挥官杰弗里·辛克莱返回巴比伦5号，在谢里登上尉、德伦、伊万诺娃和马库斯的帮助下偷走了巴比伦4号空间站，并将其送回1000年前，在之前的明巴里阴影战争中将其用作对抗阴影的行动基地。在第一季结束时，辛克莱经历了与德伦相同的转变，变成了明巴里人，随后被揭露为明巴里传说中的真正瓦伦，而不是转世。受到他假想的已故妻子（现在为阴影工作）的再次出现的刺激，谢里登前往阴影家园Z’hadum，试图招募他。然而，他却在神风特攻队的核袭击中摧毁了他们最大的城市，最后一次被看到是跳进一个数英里深的坑里躲避爆炸。加里波第在与影子船只的战斗中失踪了。