2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱担任车站的军事长官。他和指挥人员了解到，圣地亚哥总统的死亡实际上是克拉克副总统策划的暗杀事件（克拉克在圣地亚哥去世后担任总统）。巴比伦5号指挥部与Psi兵团之间发生了冲突，Psi兵团是一个越来越专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。伊万诺娃指挥官是空间站的二号指挥官，他秘密地是一名潜在的心灵感应者，非法逃避在普世军团登记。　　阴影是一个古老而极其强大的种族，最近刚刚从冬眠中醒来，被发现是各种神秘和令人不安的事件的原因，包括2258年底对纳恩前哨的袭击。Centauri大使Londo Mollari在与Narn的持续冲突中，通过与神秘的Morden先生的联系，在不知不觉中获得了他们的援助。这位年迈体弱的半人马座皇帝长期以来一直倡导与纳恩人和解，在访问巴比伦5号时突然去世。包括Londo Mollari和Refa在内的许多阴谋家通过暗杀对手并将已故皇帝不稳定的侄子登上王位来控制Centauri政府。他们的第一个行动是开始对纳恩人进行公开侵略。在一场全面战争爆发后，半人马座最终在一场涉及大规模司机的残酷袭击中征服了纳恩，大规模杀伤性武器被列为非法。到年底，克拉克政府开始表现出越来越极权主义的特征，压制异议，限制言论自由。Vorlon被揭示为包括地球在内的各个世界天使传说的基础，是阴影的古老敌人。他们在谢里丹和巴比伦5号指挥部的帮助下与阴影作战。