健一父子和海伦的父女是海洋学者，他们一起目击了神秘的飞行物体降落在海里。4人乘坐小船去了现场，但是突然被海中的光线照射，被传送到了陌生的地方。在那里的神秘宇宙飞船里，出现的自称是吉古拉星人的女性，为了证明自己的科学能力，吉古拉星人在他们的面前让东京发生了震级13级的大地震。在前所未有的大灾害中，吉古拉星人要求地球投降。住在海里的吉古拉星人说，因为自己的星球的海洋被污染了，所以寻找拥有美丽大海的移民地，找到了距离480光年远的地球。吉古拉不仅企图占领大海，还企图以人类为粮食。他们费劲周折，总算是从宇宙船上逃出来了，但是追着他们自称是吉古拉星人的女性也登陆了。另一方面，受到了熊熊火焰攻击的宇宙飞船爆炸，出现了在海中像飞一样移动的银色怪兽，这就是真正的吉古拉星人的样子。因为和母星的水压不同，吉古拉不断变得巨大。加美拉把战斗场地转移到了吉古拉不擅长应付的地面上……