连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中,秦认识了担任大学讲师的冴子,并渐渐地对她产生了好感。之后,秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物,原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手,没想到怪物遗留于现场的肉块,却让整个事件产生了翻天覆地的大转变,事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课,甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相,黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时,怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役,机动警
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中,这里远离战场,几乎从未发生过什么战事,驻守在这儿的联邦军的部队也并不多,这一点,并不使少年阿鲁高兴,因为他是一个军事迷,渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时,殖民地内发生了骚动,这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致,不久,一架受了伤的扎克(改),掠过阿鲁的上空,坠落在离他不远的林间草坪上。被击落的吉恩新兵巴尼,用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡,这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外,还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克
西元1999年,一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船,之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞(還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實),而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦,命名為「馬克羅斯」(MACROSS,德文「大宇宙」之意)。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂,在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後,在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天,在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍